135 黑暗组织十亿元抢劫事件（宫野明美下线）

136-139 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件（灰原哀登场）

190-192 与黑暗组织的再会（啊~雪莉 / 第一次变回宫野志保）

236-238 名侦探齐聚一堂！工藤新一VS怪盗基德（首次提及乌丸莲耶）

贝尔摩德篇

181-182 黑暗中的死角（【候选人】新出医生初登场）

245-246 战斗游戏的陷阱（【候选人】茱蒂老师初登场）

249-250 神秘的乘客（【候选人】赤井秀一初登场）

277-278 来自芝加哥的男人（詹姆斯初登场）

332-333 残留下来的无声证言（收到组织威胁的板仓卓）

334-336 接触黑色组织（柯南冒充板仓卓交易险被发现）

365-366 隐藏在厕所中的秘密（宫野艾莲娜的录音带）

371-375 与黑暗组织直面对决 满月之夜的双重谜案（贝尔摩德身份揭晓）

376-377 找寻臀部上的记号（小哀拒绝FBI证人保护计划）

红与黑的对决篇

459-463 黑色冲击！组织之手逼近的瞬间（水无怜奈初登场）

467-468 无法回头的两个人（本堂瑛佑初登场）

502-505 黑暗组织之影

527-528 黑色相片的下落（本堂瑛佑父亲照片）

538-551 红与黑的碰撞（水无怜奈身份揭晓）

波本篇

556 红白黄色和侦探团（【候选人】冲矢昴初登场）

614-615 侦探团VS抢匪团（“伤疤赤井”初登场）

629-632 引发危机的红色前兆/黑色13的暗示/步步逼近的黑色期限/摇曳的红色目标

697-698 幽灵饭店的推理对决（【候选人】世良真纯初登场）

719-720 婚礼前夕（【候选人】安室透初登场）

742-743 工藤优作的未解决事件（冲矢昴知道柯南真实身份）

751-752 迫近灰原秘密的黑影（第二次变回宫野志保）

753-756 漆黑的神秘列车（波本身份揭晓）

绯色篇

757-758 密室中的柯南/揭开谜底的波本（安室透怀疑沉睡的小五郎）

774-775 又甜又冷的宅急便（冲矢昴、安室透出场）

783-784 现场的邻人是前男友（羽田秀吉初登场）

786-787 茱蒂的回忆与赏花的陷阱（柯南与茱蒂交流情报被窃听）

812-813 恋爱小说的意外结果（领域外的妹妹初登场）

823-824 气氛僵硬的茶会（安室透调查楠田陆道死因）

832-836 绯色的序章/追寻/交叉/回归/真相（安室透、冲矢昴身份揭晓）

朗姆篇（连载中）

845-846 三个第一发现者（朗姆身份线索）

865-867 县警的黑暗（【候选人】黑田兵卫初登场）

891-892 关系不好的女子乐队（回忆中的苏格兰威士忌）

916-917 与17年前同样的现场（羽田浩司案相关）

918-919 灵魂侦探杀害事件（琴酒最近一次出场）

921-922 背叛的舞台（安室透与赤井秀一的恩怨来由）

936-937 涟漪中的魔法师（赤井一家）

944-945 新老师的骸骨事件（【候选人】若狭留美初登场）

949-950 隔壁的江户式推理秀（【候选人】胁田兼则初登场）

951-952 手臂白皙的女人（朗姆三选一）

964-965 燃烧帐篷的怪物（黑田VS若狭）

998-999 寻找玛丽亚（BOSS身份揭晓）

1009-1011 充满谜团的鸡尾酒（红茶会谈）

长野县三人组

564-566 风林火山 迷宫的铠甲武士/阴影与雷光的对决（大和敢助、上原由衣初登场）

608 危险的二人组

609-612 死亡之馆 赤壁（诸伏高明初登场）

705-706 毒与幻的设计

807-809 红衣女的惨剧

865-867 县警的黑暗